Apabila zaman paganisme berlalu, apabila agama Kristian tidak lagi dianiaya dan diiktiraf sebagai agama dunia, nampaknya semua perbezaan harus diselesaikan. Tetapi kadangkala hanya Majlis Ekumenikal yang boleh menyelesaikan konflik yang timbul, menyangkal ajaran sesat - tidak ada kedamaian walaupun dalam Gereja.
Konsili Ekumenikal yang pertama ialah Konsili Nicea, yang diadakan pada tahun 325. Alasan untuk ini adalah ajaran yang meluas dari pendeta Alexandria Arius. Intipatinya adalah untuk menafikan identiti antara Tuhan Bapa dan Tuhan Anak. Dia berhujah bahawa Yesus Kristus diciptakan oleh Tuhan, tetapi bukan penjelmaan-Nya. Idea sedemikian secara asasnya menyangkal semua dogma Kristian, dan oleh itu pada mulanya ajaran Arius telah ditolak oleh Majlis Tempatan. Bagaimanapun, imam yang bangga itu enggan mengiktiraf keputusan Majlis itu sebagai sah dan terus memenangi orang beriman.
Kemudian Maharaja Constantine menjemput uskup dari seluruh dunia ke Majlis Ekumenikal di kota kecil Nicaea (kini dipanggil Iznik dan terletak di wilayah Turki moden). Beberapa wakil Gereja yang hadir mempunyai kesan penyeksaan pada tubuh mereka,diterima atas nama Kristian sejati. Uskup yang menyokong Arius turut hadir.
Perdebatan berlangsung lebih daripada dua bulan. Pada masa ini terdapat banyak perbincangan, ucapan oleh ahli falsafah, penjelasan rumusan teologi. Seperti yang dikatakan legenda, manifestasi keajaiban ilahi menamatkan pertengkaran. Sebagai satu kesatuan tiga prinsip, dia memberikan contoh serpihan tanah liat: air, api, tanah liat memberikan satu keseluruhan. Begitu juga, Holy Trinity pada dasarnya adalah satu Tuhan. Selepas ucapannya, muncul api dari serpihan, air muncul dan tanah liat terbentuk. Selepas keajaiban sedemikian, Majlis Nicene akhirnya menolak ajaran palsu Arius, memecatnya daripada Gereja, meluluskan Pengakuan Iman dan menetapkan 20 peraturan disiplin gereja, menentukan tarikh perayaan Paskah.
Tetapi Majlis Gereja ini belum menamatkan isu ini. Kontroversi itu berterusan untuk masa yang sangat lama. Sehingga kini, gema mereka masih kedengaran - Arianisme membentuk asas ajaran Saksi-Saksi Yehuwa.
Selain Konsili 325, terdapat juga Konsili Nicea Kedua, yang diadakan oleh Maharani Irene dari Constantinople pada tahun 787. Tujuannya adalah untuk menghapuskan ikonoklasme yang wujud pada masa itu. Malah, Maharani membuat dua percubaan untuk mengadakan Majlis Ekumenikal. Tetapi pada tahun 786, para pengawal yang menyokong ikonoklas menyerbu Kuil Para Rasul Suci di Constantinople, di mana Majlis itu mula bekerja. Bapa suci terpaksa bersurai.
Setelah menggunakan muslihat yang banyak, membubarkan pengawal lama, merekrut tentera baru, Irina tetap mengadakan Katedral di787, tetapi memindahkannya dari Constantinople ke Nicea. Kerjanya bertahan sebulan, berikutan hasilnya, pemujaan ikon telah dipulihkan, mereka dibenarkan di gereja.
Walau bagaimanapun, Majlis Nicea ini gagal mencapai matlamatnya sepenuhnya. Ikonoklas terus wujud. Pergerakan ikonoklas akhirnya dikalahkan hanya pada tahun 843, di Konsili Konstantinopel.